CAS-UBでは、見出し、箇条書き、表のような構造指定、あるいは体裁などの指示をマークアップで指定します。マークアップによって、次に説明する自動処理もできます。
記事タイトルが、各記事の成果物における最上位の見出しとなります。そして、記事の本文テキストで行の先頭に '=' を付けると見出しのマークアップとなります。本文テキストの見出しのレベルは '=' の個数で指定します。
Webページの目次やEPUBの目次は、記事のタイトルと記事内の見出しから自動作成します。
PDFの目次も自動生成できます。
PDFの生成設定については、http://www.cas-ub.com/howto/で入手できる「CAS-UBによるPDF生成のためのガイド」で解説しています。
見出しのレベルがあるときは、どのレベルまでを目次に出すか、生成画面のWeb/EPUBの一般設定と、PDFレイアウト設定のレイアウト詳細設定で指定します。
手作りの目次があるときは手作りの目次が優先して使われます。
CAS-UBでは、本文の中で適切なマークアップがあるとき、図表一覧、巻末注釈、索引、参考文献表を生成できます。
成果物を生成するとき見出しの番号・図番号・表番号を自動採番できます（自動番号付けを使わない設定もできます）。